Recherche de marqueurs génétiques de tolérance dans les variétés de betterave
Une analyse moléculaire a été conduite dans l’objectif d’améliorer notre connaissance de la maladie et d’identifier de nouveaux marqueurs pertinents pour la sélection de variétés tolérantes à la cercosporiose.
17 gènes de défense des plantes ont été analysés dans le cadre du projet, sur 2 variétés de sensibilité différente à la cercosporiose (Celsius, 1K133) et en présence de 2 souches de C. beticola, une agressive et une peu agressive. L’expression des gènes de défense des plantes a été analysée 7 jours puis 15 jours après inoculation (début de l’apparition des nécroses). Un témoin inoculé avec de l’eau est utilisé comme référence. L’expression des gènes a été analysée par qRT-PCR.
L’analyse a permis d’identifier certains gènes dont l’expression est augmentée en réponse à l’infection dans les deux variétés, mais avec une intensité plus faible chez la variété sensible. L’expression de ces gènes pourrait donc être un marqueur de tolérance à la cercosporiose. Des gènes codant pour des protéines impliquées dans la signalisation et la dégradation des parois du champignon ont également été repérés. Étant uniquement présents chez la variété sensible, ces gènes pourraient être considérés comme des marqueurs de sensibilité.
Analyse du métabolome
L’infection par C. beticola induit une modification du profil des métabolites produits dans la plante. Les résultats montrent que l’effet variétal est très important. Les variétés Celcius et 1K133 cultivées dans les mêmes conditions produisent des métabolites différents, c’est le principal critère de séparation des échantillons. La production de cercosporine est nettement plus forte en présence de la souche agressive qu’en présence de la souche peu agressive. Par ailleurs, certains métabolites sont présents uniquement dans la variété tolérante, mais ils différent selon que le prélèvement ait été réalisé 7 jours ou 15 jours après inoculation. La plante répond donc de manière différente en fonction du stade d’infection.
