L’analyse de la variabilité génétique des populations de C. beticola a été effectuée par Inrae BIOGER (BIOlogie et GEstion des Risques en agriculture) et l’ANSES durant la première partie du projet. Au total, 269 et 566 souches prélevées respectivement en 2019 et 2020 sur l’ensemble des départements betteraviers français ont fait l’objet d’analyses moléculaires. À cette collection de souches françaises, ont été ajoutés 332 individus d’une population d’Amérique du Nord de 2014 qui servent de référence.
Lieux de prélèvement de cercosporiose en France
Afin de caractériser la diversité des souches de C. beticola, les chercheurs ont utilisé 12 marqueurs génétiques publiés dans la littérature scientifique (Vaghefi et al, 2017). Après extraction des ADN, les individus ont donc été génotypés à l'aide des 12 marqueurs. La diversité génétique a été analysée au niveau géographique (19 départements de prélèvements) et temporelle (2 années d’études). Les résultats montrent que la variabilité génétique en France est forte, il n’existe pas de souche dominante, ni de structuration géographique des souches présentes sur le territoire. Une même souche peut se retrouver partout en France grâce à des flux de gènes sur de longues distances. Dans une parcelle de betterave, plusieurs souches sont présentes, on parle de population de C. beticola. Les souches françaises sont plus diversifiées que les souches américaines, ce qui est cohérent avec l’histoire évolutive de C. beticola qui a été introduit en Amérique du Nord plus récemment.
Ces résultats nous ont permis de sélectionner un groupe de 100 souches représentant la diversité génétique présente en France. D'autres critères ont été pris en compte : origine géographique (maximisation de la diversité des départements d’échantillonnages) et phénotypique (les souches avec le plus d’information vis-à-vis de leur sensibilité à un panel de fongicides ont été privilégiées).
Le projet SUGAR, coordonné par l’ITB a bénéficié de la contribution financière du compte d’affectation spéciale de développement agricole et rural CasDar du ministère de l’Agriculture et de l’Alimentation.
