Les fongicides peuvent agir en altérant la membrane des cellules des champignons, désactiver des enzymes ou des protéines. Certains fongicides interfèrent également avec des cycles métaboliques importants pour la survie du champignon comme la production de stérols. Pour choisir un fongicide il n’est pas nécessaire de connaître exactement leur formule chimique, mais il est important de savoir que tous les fongicides appartenant au même groupe chimique ont le même mode d’action. 

De plus, il est important de noter que les fongicides qui agissent sur un seul site métabolique sont plus facilement contournés par le champignon alors que le développement de résistances est très rare pour les fongicides qui agissent sur plusieurs sites métaboliques.

C'est le code FRAC qui permet de différencier les différents modes d'actions des fongicides (tableau ci-dessous). 

Classification selon la cible, des matières actives agissant contre les maladies foliaires de la betterave :

^{* Uniquement en cas de dérogation 120 jours.}