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Une première vision complète du virome des betteraves atteintes par la jaunisse

Dans le cadre du projet ProViBe, INRAE de Bordeaux a analysé le virome de 28 betteraves par séquençage haut débit. Aucun agent viral inattendu n’a été mis en évidence à ce jour.

Le terme virome désigne l’ensemble des virus présents dans la plante. L'équipe de l'UMR BFP (INRAE, Bordeaux) l’a analysé sur des plantes touchées par la jaunisse. Cette étude a plusieurs objectifs :

-    Comprendre les facteurs de virulence de la maladie et la contribution des différents virus,

-    Identifier la présence d'éventuels nouveaux virus, au-delà des quatre virus de la jaunisse déjà connus (BYV, BChV, BMYV, BtMV),

-    Mettre en évidence des isolats potentiellement peu virulents utilisables dans une approche de protection croisée (assimilable à une vaccination).

 

Les échantillons collectés en 2020 proviennent de deux parcelles du Loiret, d'une de l’Aube et d'une de l’Oise. Les prélèvements ont été ciblés sur des plantes infectées restant non symptomatiques ou ne développant que tardivement des symptômes modérés, ainsi que des plantes voisines ayant développé des symptômes sévères. Des tests sérologiques et moléculaires conduits par INRAE (UMR SVQV, Colmar) ont d’abord permis de rechercher dans ces plantes les quatre virus classiquement associés aux symptômes de jaunisse ou de mosaïque : Beet yellows virus (BYV, Closterovirus), Beet chlorosis virus et Beet mild yellowing virus (BChV et BMYV, Polerovirus) et Beet mosaic virus (BtMV, Potyvirus). Les résultats ont permis de choisir 14 couples (betteraves non/peu symptomatiques - betteraves symptomatiques) sur lesquelles les chercheurs souhaitaient une analyse complémentaire du virome pour avoir une vision exhaustive des virus présents dans chaque plante analysée, y compris s'agissant de virus nouveaux, encore inconnus. Ils ont mis en évidence un virome relativement pauvre, essentiellement caractérisé par la présence des quatre virus attendus. Le virus de la rhizomanie a été détecté ponctuellement. Deux virus non soupçonnés d'être pathogènes, le Beet cryptic virus 2 et le Beet mitovirus 1 ont également été détectés. Ces premières données ne mettent donc pas en évidence de contribution, positive ou négative vis-à-vis de la jaunisse, de nouveaux virus.

 

La reconstruction du génome quasi complet des isolats viraux présents dans chacune des plantes a par ailleurs permis d'analyser la diversité génétique des différents virus. Cette diversité à l’échelle du génome est très faible et non corrélée à la symptomatologie des plantes analysées. Cette faible variabilité, même entre plantes provenant de parcelles distantes suggère des mécanismes de dispersion efficace à grande échelle des quatre virus déjà connus. En complément, des études seront conduites par l’IBMP/CNRS de Strasbourg pour rechercher plus finement si la diversité génétique au niveau de certains gènes viraux pourrait expliquer les variations de symptomatologie. 

 

La question de la contribution potentielle des différents virus à la sévérité des symptômes a également été abordée en recherchant une éventuelle corrélation entre l'accumulation des différents virus (calculée à partir des données de séquençage haut débit par une approche de transcriptomique) et les symptômes exprimés par les plantes analysées. Aucune corrélation évidente n'a été observée pour les virus BChV, BMYV et BtMV mais, de façon remarquable, une très bonne corrélation a été montrée entre le niveau d'accumulation du BYV et la sévérité des symptômes foliaires. Ces observations suggèrent un rôle majeur du BYV dans l’extériorisation de la jaunisse. 

 

Au cours de l'année 2021, les observations de l'ITB ont permis d'identifier de nombreux nouveaux couples de plantes symptomatiques et asymptomatiques dont l'analyse par tests ELISA et PCR est en cours. Dès que ces données seront disponibles, elles permettront de sélectionner les plantes dont le virome sera analysé dans le courant de cette année afin de valider et d'étendre ces premiers résultats acquis grâce à cette approche innovante et sans a priori.

 

Co-auteurs : Thierry Candresse (INRAE, UMR BFP), Armelle Marais-Colombelle (INRAE, UMR BFP), Véronique Brault (INRAE, UMR SVQV)

 

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